在使用有毒原料以及產生有毒的中間產物和產品的生產過程中，采用合理的工藝流程和設備，并實行嚴格的操作和監督，消除漏逸，盡量減少流失量。含有劇毒物質廢水，如含有一些重金屬、放射性物質、高濃度酚、氰等廢水應與其他廢水分流，東莞廢水治理以便于處理和回收有用物質。一些可以生物降解的有毒廢水如含酚、氰廢水，經廠內處理后，可按容許排放標準排入城市下水道，由污水處理廠進一步進行生物氧化降解處理。含有難以生物降解的有毒污染物廢水，不應排入城市下水道和輸往污水處理廠，而應進行單獨處理。

    最根本的是改革生產工藝，盡可能在生產過程中杜絕有毒有害廢水的產生。如以無毒用料或產品取代有毒用料或產品。一些流量大而污染輕的廢水如冷卻廢水，不宜排入下水道，以免增加城市下水道和污水處理廠的負荷。這類廢水應在廠內經適當處理后循環使用。東莞廢水治理成分和性質類似于城市污水的有機廢水，如造紙廢水、制糖廢水、食品加工廢水等，可以排入城市污水系統。應建造大型污水處理廠，包括因地制宜修建的生物氧化塘、污水庫、土地處理系統等簡易可行的處理設施。與小型污水處理廠相比，大型污水處理廠既能顯著降低基本建設和運行費用，又因水量和水質穩定，易于保持良好的運行狀況和處理效果。